2029年3月某日，某國(guó)大使館遭到一群經(jīng)大規(guī)模義體改造的武裝分子的入侵，眾多外國(guó)使節(jié)及其同儕眷屬淪為人質(zhì)，事態(tài)十萬(wàn)火急。草薙素子（坂本真綾 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古薩（新垣樽助 配音）等得力屬下，并制定了周密的營(yíng)救計(jì)劃。誰(shuí)知當(dāng)一切都按部就班進(jìn)行之時(shí)，意外突然發(fā)生。與此同時(shí)，距離大使館不遠(yuǎn)的一座摩天大樓內(nèi)，日本首相遭到密碼箱炸彈的暗殺，素子之前的上司陸軍501機(jī)關(guān)的機(jī)關(guān)長(zhǎng)庫(kù)露茲（淺野麻由美 飾）也在爆炸中喪生。經(jīng)過縝密追查，素子等人發(fā)現(xiàn)一種能夠篡改記憶的病毒正在網(wǎng)絡(luò)蔓延，而她的身世居然和一連串的事件有著密切聯(lián)系。危機(jī)當(dāng)前，陰謀悄然復(fù)出水面……
本片根據(jù)士郎正宗的同名原作改編，系《攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì)》誕生25周年紀(jì)念作品。